Gangguan metabolisme lipid (termasuk gangguan semula jadi) adalah penyakit di mana masalah berlaku dalam memecahkan atau mensintesis lemak (atau bahan seperti lemak).[19] Gangguan metabolisme lipid dikaitkan dengan peningkatan kepekatan lipid plasma dalam darah seperti kolesterol LDL, VLDL dan trigliserida yang paling kerap membawa kepada penyakit kardiovaskular.[20] Selalunya gangguan ini adalah bersifat keturunan, yakni diturunkan dari ibu bapa kepada anak melalui gen mereka.[19] Penyakit Gaucher (jenis I, II, dan III), penyakit Niemann-Pick, penyakit Tay-Sachs dan penyakit Fabry ialah contoh penyakit yang mana mereka yang dihidapi boleh mengalami gangguan metabolisme lipid badan mereka.[21] Penyakit yang jarang berlaku berkaitan gangguan metabolisme lipid ialah sitosterolemia, penyakit Wolman, penyakit Refsum, dan xantomatosis serebrotendinus.[21]